Tương truyền, chùa được xây dựng vào thế kỉ 12 trên một khuôn viên hòn đảo xinh đẹp bao quanh rộng khoảng 5 hecta, phía trước là biển trời non nước. Trước đây, chùa nổi tiếng linh thiêng ,đây là nơi cứu vớt thi thể ba mẹ con hoàng hậu cuối đời nhà Tống chết trận hải chiến Nhai Môn trôi dạt vào cửa Tráp ( Cửa Càn – Càn Môn ), hiện các Vị Thánh Nương được thờ tại đền Cờn. Vua Trần Thái Tông, vua Lê Thánh Tông, khi hành quân đều đến chùa dâng lễ cầu xin tam bảo phù hộ cho đất nước bình yên.

Hiện tại vì không gian linh thiêng, cộng thêm khuôn viên cây xanh và hồ nước mát mẽ nên chùa là địa điểm cho nhân dân Phật tử khắp vùng đến tham quan, vãn cảnh và lễ bái.

Thể theo nguyện vọng của bà con nhân dân và phật tử gần xa, chính quyền phường Quỳnh Phương, thị xã Hoàng Mai, tỉnh Nghệ An đã có chủ trương  khôi phục lại chùa để làm nơi sinh hoạt đạo đức tâm linh cho Phật tử và nhân dân trong vùng Bắc Nghệ An.  Đến năm 2011, chùa được UBND tỉnh chính thức chấp thuận phục hồi theo quyết định số 1731/SXD.QHKT vào ngày 11 tháng 11 năm 2011.

Sau nhiều năm gieo duyên hành đạo với mảnh đất Hoàng Mai vùng địa đầu xứ Nghệ và ngôi già lam Càn Môn, thể theo tâm tư nguyện vọng của Phật tử và được sự đồng thuận của chính quyền các cấp, đại đức Thích Tâm Hiếu được bổ nhiệm làm trụ trì chùa Càn Môn vào ngày 14 tháng 11 năm 2012. Năm 2015 nhân dân Phật tử địa phương đã đồng lòng xây dựng nên một bảo điện nhỏ nhằm phục vụ nhu cầu tín ngưỡng trong vùng.

Với hoài bão thượng cầu Phật đạo hạ hóa chúng sinh, với sự nỗ lực tiến tu, đại đức đã mở các khóa tĩnh tu chuyên giảng dạy Phật pháp và các ngày sinh hoạt tu học khác. Song song với sinh hoạt đó là các đại lễ lớn như Phật đản, Vu Lan…thu hút hàng nghìn tín đồ về tham dự lễ. Do vì lẽ đó, với nhiệm vụ là sứ giả Như Lai đại đức luôn trăng trở mong muốn có cơ sở sinh hoạt ổn định bền vững để vượt thắng sự khắc nghiệt của thời tiết nắng nóng gay gắt, chống chọi được với những trận mưa gào gió thét. Do nhu cầu phát triển, số lượng tín đồ ngày càng tăng và khách thập phương mỗi ngày mỗi đông. Đại đức Thích Tâm Hiếu đã lập quy hoạch chi tiết xin mở rộng khuôn viên trên nền đất cũ với tổng diện tích hiện trạng là 8300m3 với nhiều hạng mục.

Hiện nay đang trong quá trình thực hiện các bước triển khai xây dựng hội trường Tăng xá, đại hùng Bảo điện và nhiều hạng mục khác theo kế hoạch. Khi chùa Càn Môn hoàn thành sẽ là nơi rèn luyện đạo đức tâm linh hàm dưỡng tâm hồn. Hứa hẹn chùa Càn Môn sẽ là nơi dừng chân nghỉ mát tham quan vãn cảnh, tạo điểm nhấn du lịch tâm linh trên quê hương Hoàng Mai, địa đầu tỉnh Nghệ An.